生物发酵工程是生物工程的一个重要组成部分。发酵工程发源于家庭或作坊式的发酵制作(农产手工加工),后来借鉴于化学工程实现了工业化生产(近代发酵工程),后返璞归真以微生物生命活动为中心研究、设计和指导工业发酵生产(现代发酵工程),跨入生物工程的行列。
而微生物发酵技术以现代发酵技术为核心,利用微生物的代谢活动过程,经生物转化而大规模地制造各种工业发酵产品,已经形成了一个品种繁多、门类齐全的独立工业体系,在国民经济中占有重要地位。
微生物发酵即是指利用微生物,在适宜的条件下,将原料经过特定的代谢途径转化为人类所需要的产物的过程。微生物发酵生产水平主要取决于菌种本身的遗传特性和培养条件。发酵工程的应用范围有:⑴医药工业,⑵食品工业,⑶能源工业,⑷化学工业,⑸农业:改造植物基因;生物固氮;工程杀虫菌生物农药;微生物养料。⑹环境保护等方面。